Madagaskar-Ratten leben in einem festen Paarverbund, zu dem noch die Jungtiere der letzten zwei bis drei Jahre zählen. Jungtiere werden im November, zu Beginn der madegassischen Regenzeit, geboren. In den ersten Lebenswochen bleiben die Jungtiere im schützenden Bau der Eltern, bevor sie dann beginnen, ihre Umgebung zu erkunden. Nach einem Jahr sind die Jungtiere ausgewachsen.
In Zoologischen Gärten werden Madagaskar-Ratten sehr selten gehalten. Alle Tiere in Menschenobhut gehen auf den Zuchtstamm des Zoo Jersey zurück. Die Erstzucht in Deutschland gelang im Zoo Duisburg.
In der Natur sind Madagaskar-Ratten sehr stark bedroht. Ihr sehr kleines Verbreitungsgebiet steht unter ständigem Druck der wachsenden Bevölkerung, die Raubbau an den verbliebenen Waldgebieten betreibt, in denen die Ratten noch überleben.